屋上緑化では根が伸長して、漏水の原因となる危険性があるため、防根シートを敷設します
雨水や水やりにより、土壌に水が底流していることがあるので、充分に漏水に注意する必要があります。
屋上緑化に係わる防水層の性能条件として、従来の性能に加えて、場合によっては耐根性、耐土中バクテリア性、耐薬品（肥料、消毒剤等）性なども考慮する必要があります。
一般的には実績と耐用年数から、押えコンクリートのあるアスファルト保護房水が多いですが、軽量化や耐根性などの点からウレタン＋FRP複合塗膜防水や防根シートと防水シートの2層防水工法とする方法があります。
屋上緑化において、植物の根が伸長して防水層の隙間から進入し、防水層を破断して漏水の原因となる危険性があるため、防根シートを敷設する必要があります。防水層の違いにより防根シートの種類が異なります。
防根シートには、ポリエチレンビニールシート（0.3mm）などのような不透水性系シートのものと、透水性系シートのものがありますが、一般的には、不透水性系シートのものを使用します。
排水を行なうため、水勾配は最低1/100以上とし、かならず躯体をとります。できれば1/75以上が望ましいとされています。
パラペット部分などでは、土壌の高さを防水層より10cm異常低くし、植栽基盤との間をあけるようにしましょう。
植え込み内にドレインを設置する場合、点検可能な桝を必ず設けましょう。ルーフドレインの回りは耐圧透水板またはパーライト詰め透水管などを敷設して空隙をつくり、速やかな排水を図ります。
屋上緑化の維持管理とその留意点
潅水設備
自動潅水装置を使用して一度にたっぷりと水を与えてください。屋上緑化の自動潅水装置には点滴潅水方式や底面潅水方式が一般に使われます。広い面積になるほど、水道料金や、人件費を削減できます。
風対策
風速を低減するためには壁、防風ネット、常緑樹の外周配置、樹木の倒木防止には支柱材の設置、そして土壌の飛散防止には地被植物やバークチップによるマルチングなどの対策があります。このような対策は、計画・設計の段階で配慮する必要があります。
植栽の抑制的な管理
屋上緑化では、成長ではなく植栽の安定性を重視するのがよいとされています。そのほうが維持管理作業を削減できますし、建物の許容荷重を超えそうになることを防止できます。