屋上緑化では根が伸長して、漏水の原因となる危険性があるため、防根シートを敷設します
雨水や水やりにより、土壌に水が底流していることがあるので、充分に漏水に注意する必要があります。
屋上緑化に係わる防水層の性能条件として、従来の性能に加えて、場合によっては耐根性、耐土中バクテリア性、耐薬品（肥料、消毒剤等）性なども考慮する必要があります。
一般的には実績と耐用年数から、押えコンクリートのあるアスファルト保護房水が多いですが、軽量化や耐根性などの点からウレタン＋FRP複合塗膜防水や防根シートと防水シートの2層防水工法とする方法があります。
屋上緑化において、植物の根が伸長して防水層の隙間から進入し、防水層を破断して漏水の原因となる危険性があるため、防根シートを敷設する必要があります。防水層の違いにより防根シートの種類が異なります。
防根シートには、ポリエチレンビニールシート（0.3mm）などのような不透水性系シートのものと、透水性系シートのものがありますが、一般的には、不透水性系シートのものを使用します。
排水を行なうため、水勾配は最低1/100以上とし、かならず躯体をとります。できれば1/75以上が望ましいとされています。
パラペット部分などでは、土壌の高さを防水層より10cm異常低くし、植栽基盤との間をあけるようにしましょう。
植え込み内にドレインを設置する場合、点検可能な桝を必ず設けましょう。ルーフドレインの回りは耐圧透水板またはパーライト詰め透水管などを敷設して空隙をつくり、速やかな排水を図ります。